中國醫藥大學為全國發展中醫藥最具歷史與特色的醫學大學，60餘年來為國家培育萬餘名中醫與藥學專業人才，建構了世界最大的中醫藥資料庫、擁有最堅强的中藥研發專家與全國最完整的中醫臨床醫師陣容，中國醫藥大學於1999年成立中西醫結合研究所為全國之首創，結合西醫臨床與中醫的整合療法及基礎研究以達最佳療效並佐以分子細胞機轉闡述其醫療基礎和根據，中醫藥領域研究成果在論文之品質、數量與被引用次數皆位居全國首位、世界前茅。

中國醫藥大學研究團隊在中醫針灸與中藥研發上已具有相當成就，在教育部支持的邁向頂尖大學計畫與深耕計畫特色領域研究中心經費支持的「中醫藥研究中心」架構下，利用中國醫藥大學的中醫針灸與中藥研究基礎加上臨床治療經驗的優勢，結合全校頂尖團隊卓越的研究能力，利用多學科基礎與臨床的分工合作，共同開發對難以治癒的疾病之新穎或輔助醫療對策。

中心研究主軸包括：一、針灸治療神經系統疾病的基礎機轉，特別是研究穴位微環境與經絡循行的待解決難題，並進行針灸與中藥複方的臨床試驗，推動中醫藥實證醫學。二、中藥研究從古方中找尋用於治療代謝、免疫、癌症等疾病的單味藥與中藥複方，並純化、鑑定、測試活性、了解分子機轉，進行臨床前試驗與臨床試驗。三、中藥的品質管控，這是中醫藥研究與產業最重要的關鍵問題，本中心藉由中醫大既有的研究平台，特別著重在將功能性路徑分析、基因圖譜與功能性代謝體學應用在中藥的質量控制，提升中藥研發之能量。